법인경정청구, 연구개발 공제를 다시 따져 법인세 약 8억 원을 돌려받은 사례
- #업무 분야법인세 경정청구 · 세무 검증 대응
- #업종IT 플랫폼 · 소프트웨어 개발업
- #절세액법인세 환급 약 8억 원
사례 미리보기
법인경정청구, 임직원 약 250명의 IT 플랫폼 법인이 결제 정산 데이터를 대사해 약 10억 원대 매출 누락 의심을 풀고, 연구개발 공제를 다시 검토해 법인세 약 8억 원을 돌려받았습니다. 세무법인 테헤란이 데이터 대사와 공제 재검토를 진행한 과정과, 법인 환급 청구에서 자주 나오는 질문을 함께 정리했습니다.
사례 개요
- 업무 분야
- 법인세 경정청구 · 세무 검증 대응
- 업종
- IT 플랫폼 · 소프트웨어 개발업
- 회사 규모
- 임직원 약 250명 · 연 매출 약 600억 원
- 핵심 쟁점
- 결제 정산 불일치로 인한 매출 누락 의심 · 연구개발 공제 사후 검증
- 절세액
- 법인세 환급 약 8억 원
사례 소개
법인경정청구는 이미 신고하고 낸 세금이 과다했을 때 법정 기한 안에 바로잡아 달라고 요구하는 절차입니다. 규모가 큰 회사일수록 신고 때 놓친 공제와 계산 오류가 여러 해에 걸쳐 쌓여 있기 때문이죠.
데이터는 폭증했는데 장부는 수작업
이번 의뢰인은 몇 년 만에 연 매출 약 600억 원, 임직원 약 250명 규모로 큰 IT 플랫폼 법인이었는데요. 카드, 간편결제, 앱 마켓 인앱결제의 정산 주기가 모두 달라 법인 계좌 입금액과 신고된 매출이 맞지 않았습니다. 과세 당국은 이를 약 10억 원대 매출 누락으로 의심해 해명을 요청했죠. 동시에 지난 3년간 받은 연구개발 공제에 대해 사후 검증이 예고됐고, 연구 기록이 부실해 공제액 전부가 추징될 수 있었습니다. 핵심 개발자들의 주식매수선택권 행사 시기도 다가오고 있었고요.
절세 솔루션
데이터로 소명하고 놓친 공제를 찾다
먼저 서비스 관리 시스템의 거래 원천 데이터와 결제대행사·앱 마켓 정산 파일, 은행 입금 내역을 한데 모아 자동 대사를 돌렸습니다. 수백만 건을 건 단위로 짝지어 차이가 정산 시점 차이에서 생겼음을 보여 주었고, 매출 누락 의심은 과세 없이 종결됐고요. 다음은 연구개발 공제인데요. 과제별 기획 문서, 코드 커밋 이력, 회의록을 모아 연구 활동을 과제 단위로 다시 정리해 기존 공제를 지켰습니다. 그 과정에서 이전 신고 때 빠뜨린 요건 충족 위탁 연구개발비와 연구 인력 인건비를 찾아 법정 기한 안에 경정청구를 냈죠. 임직원 주식매수선택권도 벤처기업 특례의 비과세와 분할납부 요건을 점검해 부여 절차를 정비했습니다.
본 법인경정청구 건은 세무법인 테헤란을 통해 매출 누락 의심을 데이터로 해소하고 놓친 공제를 되찾아 법인세 약 8억 원을 환급받을 수 있었습니다.
자주 묻는 질문
Q1.법인경정청구는 언제까지 할 수 있나요?
원칙적으로 법정 신고기한이 지난 날부터 5년 안에 법인경정청구를 낼 수 있습니다. 후발적 사유가 생기면 그 사실을 안 날부터 3개월 안에 청구하는 길도 있고요. 기한이 지나면 되돌리기 어려워 미리 점검합니다.
Q2.법인경정청구를 하면 세무조사를 받게 되나요?
법인경정청구를 냈다고 곧바로 조사로 이어지는 것은 아닙니다. 다만 과세 당국이 청구 내용을 검토하며 자료를 요청할 수 있죠. 계산 근거와 증빙 서류를 청구서에 미리 붙여 두면 검토도 한결 빨라집니다.
Q3.놓친 연구개발 공제도 법인경정청구로 되찾을 수 있나요?
요건을 갖춘 연구개발비였다면 법인경정청구로 공제를 추가 반영할 수 있습니다. 다만 연구노트와 과제 기록으로 실제 연구였음을 보여야 하죠. 공제 종류별 요건은 해당 연도 기준을 확인합니다.
Next Step
이제, 복잡한 세금 문제를
정리할 시간입니다.
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